En un futuro no muy lejano, la evolución de la especie humana ha dado un gran paso dotando a ciertos individuos con poderes especiales. El sector de la población que no ha mutado teme por la supremacía de la nueva raza. Así, Magneto, un mutante con el poder de controlar el metal, prepara un apocalipsis que convertirá a toda la raza humana en mutantes. Sin embargo, existe otro bando de mutantes que lucharán contra los secuaces de Magneto para mantener el orden establecido en la Tierra: los X-Men.

Los guionistas del film, cuyo presupuesto fue de 75 millones de dólares y se perfila como la primera parte de una saga, han sido sorprendentemente fieles al cómic original, lo que se ha reflejado en el apoteósico éxito que ha tenido en todo el mundo.

Como anécdota, Stan Lee, creador de los personajes y propietario de Marvel Entertainment, hace un breve cameo como extra en el momento en que el Senador Kelly llega a la playa tras escapar de Magneto.